Si queremos añadir un nuevo certificado SSL a nuestro servidor nginx debemos seguir los siguientes pasos:

Primero añadimos certbot al repositorio de nuestro linux:

sudo add-apt-repository ppa:certbot/certbot

Hacemos un update de los respositorios:

sudo apt-get update

Instalamos certbot en nuestro Linux:

sudo apt-get install certbot python-certbot-nginx

Creamos el certificado para el sitio que queramos:

sudo certbot --nginx -d ejemplo.ekiketa.es 

Si no lo hemos seleccionado automáticamente a la hora de crear el certificado, lo deberemos editar manualmente de los sites-available (no está explicado aquí porque este minipost se basa en instalar SSL, nada más).

Reiniciamos nginx y a funcionar:

sudo systemctl restart nginx

Probamos a ver si se renueva automáticamente:

sudo certbot renew --dry-run

Si es así lo añadimos a nuestro crontab (con sudo)

sudo crontab -e

Y añadimos la linea:

0 12 * * * /usr/bin/certbot renew --dry-run

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Más info sobre certbot: https://certbot.eff.org/lets-encrypt/ubuntubionic-nginx
Más info sobre Let’s Encrypt: https://letsencrypt.org/es/