Para chequear todos los checkbox de una activity android utilizaremos el siguiente bloque de código, asociado al evento que queramos.

LinearLayout container = (LinearLayout) findViewById(R.id.linear_checkboxes);
for (int i =0; i < container.getChildCount(); i++){
    View vista = container.getChildAt(i);
    if (vista instanceof CheckBox){
        CheckBox cb = (CheckBox)vista;
        //Chequeamos el Checkbox
        cb.setChecked(true);
    }
}